Die Stadtsiegel, die von 1309 bis 1726 nachweisbar sind, zeigen das Mainzer Rad als Kleinod auf einem Topfhelm, der später durch eine Mitra ersetzt wurde. Das älteste Siegel von 1499 trägt die Umschrift „SIGILLVM CIVITADIS. D'BISCHOFISHEIM“ (= Siegel der Stadt Bischofsheim). In dem Sekretsiegel der Stadt von 1516 ist der Helm mit der Helmdecke nach hinten gedreht, später steht an Stelle des Helmes die bischöfliche Inful ohne herabhängende Bänder, dahinter ein Pluviale und darüber das freischwebende Mainzer Rad. 1849 bis 1854 wurde ein Farbstempel mit der Umschrift „STADTMAGISTRAT TAUBERBISCHOFSHEIM“ verwendet. Er zeigt das Mainzer Rad sowie den Buchstaben B rechts und links davon und darüber. Spätere Siegel tragen das Mainzer Rad wie ein Helmkleinod. Das Generallandesarchiv bemerkte bereits 1895, dass das Stadtwappen heraldisch durchaus uncorrekt sei und dass besonders eine Mitra keine Helmzier haben könne. Der Gemeinderat beschloss am 9. Januar 1961, ein Stadtsiegel anzunehmen, das dem ältesten Exemplar entsprach. Am 14. Dezember 1961 wurde der Stadt mit einem Erlass des Innenministeriums das Recht zur Führung des Wappens und einer Flagge in den Farben Silber-Rot verliehen.