Die Blasonierung des Künzelsauer Wappens lautet: "In Blau auf silberner Schüssel das bärtige goldene Haupt Johannes des Täufers. Die Stadtflagge ist Blau-Weiß."
Das abgeschlagene Haupt Johannes des Täufers, des Künzelsauer Kirchenpatrons, tritt schon ab 1525 auf den Siegeln Künzelsaus auf. Die Farben des Wappens wurden vermutlich erst im 18. oder 19. Jahrhundert festgelegt.
